Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae

Abrevieri si definitii

- Abrevieri

ADN – acid deoxiribonucleic

ADNmt – ADN mitocondrial

ARN – acid ribonucleic

ARNm – ARN mesager

ARNr – ARN ribozomal

ARNt – ARN de transfer (transport)

cyt b, cit b – gena pentru citocromul b

ME – minimum evolution

ML – maximum likelihood

MP – maximum parsimony

NJ – neighbor-joining

pb – perechi de baze (varianta kpb sau kb – kiloperechi de baze)

UPGMA – unweighted pair-group method using arithmetic averages

- Definitii

Arbore cu radacina – arbore filogenetic cu un singur nod de plecare care reprezinta cel mai recent stramos al tuturor speciilor pe care-l cuprinde

Arborii lipsiti de radacina – ilustreaza relatiile dintre noduri fara sa propuna un stramos

Clada – grup de organisme ai carui membrii detin trasaturi similare, care au provenit de la un stramos comun

Cladograma – arbore construit cu metode cladistice; prezinta bifurcatii, dar lungimea bratelor nu denota timpul

Cronograma (arbore ultrametric) – arbore filogenetic la care lungimea bratelor e direct proportionala cu timpul

Dendrograma – reprezentare schematica a unui arbore filogenetic

Filograma – arbore filogentic la care lungimea ramurilor denota numarul de modificari ale caracterelor

Grup monofiletic, monofilie - grup care contine o specie ancestrala si descendentii ei

Grup parafiletic, parafilie – clada care nu include toti descendentii ultimului stramos

Polifilie - grupuri de organisme cu stramosi diferiti, grupare filogenetica artificiala

Proteine omoloage – proteine ale caror gene au evoluat dintr-o gena ancestrala comuna si care sunt identificate prin descoperirea unor similitudini semnificative statistic la nivelul secventei de aminoacizi; este necesara o identitate de 30% pentru a se considera ca doua proteine sunt înrudite.

INTRODUCERE

Preocuparea omului pentru clasificarea lumii înconjuratoare dateaza din timpuri stravechi. Din punct de vedere stiintific, prima încadrare recunoscuta a speciilor apartine biologului suedez Carl von Linné (latinizat Linnaeus) care a încercat o caracterizare a lumii vii în lucrarea sa “Sistema naturae” în anul 1735. De atunci, universul nostru cognitiv a evoluat remarcabil si o seama de cercetatori au contribuit la extinderea cunostintelor noastre asupra lumii, iar felul în care s-a realizat clasificarea organismelor vii a variat considerabil. Astfel, daca Linné definea doua regnuri apartinând lumii vii – Animalia si Vegetabilia – în secolele urmatoare diversi cercetatori au propus clasificari diferite: Haeckel (1866) lua în considerare trei regnuri (Protista, Plantae si Animalia); Chatton (1937) facea distinctia între procariote si eucariote; Copeland a introdus o structura compusa din 4 regnuri (adaugând Monera la cele trei propuse de Haeckel), si în 1969 Whittaker distingea un al cincilea regn, Fungi. Mai târziu, Carl Woese, pe baza diferentelor existente la nivelul genelor pentru ARNr 16S, a propus întâi o împartire în sase regnuri (1977), împartind Monera în Eubacteria si Archaebacteria, iar apoi, în 1990 un sistem diferit de clasificare, bazat pe 3 domenii – Archaea, Bacteria si Eukarya.

În prezent, studiile taxonomice nu se mai limiteaza doar la o caracterizare morfologica exterioara, ci încep gradat sa puna un accent din ce în ce mai mare pe dovezi moleculare si fosile. Astfel, dupa 1953 - anul descoperirii structurii moleculei de ADN, o noua ramura, filogenia moleculara, a început sa încadreze organismele vii pe baza informatiei continute în genele conservate. Filogenetica (în acceptiunea greceasca a termenului phylon- trib, genetikos – legat de nastere) reprezinta studiul relatiilor de înrudire între diverse grupuri de organisme (specii, populatii), considerând ca acestea sunt interconectate în timp. Filogenia ia în discutie originea si evolutia unui grup de organisme (de obicei un grup de specii), iar o subdiviziune a acesteia - filogenia moleculara – propune în acest sens utilizarea moleculelor precum ADN, ARN sau