Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae

Proiect
8/10 (1 vot)
Domeniu: Biologie
Conține 1 fișier: doc
Pagini : 94 în total
Cuvinte : 21394
Mărime: 1.40MB (arhivat)
Cost: 8 puncte

Cuprins

Lista abrevieri si definitii 3

Introducere 4

Capitolul I: Genomul mitocondrial - importanta în studiile de filogenie moleculara

1.1.Teoria endosimbiotica 6

1.2. Organizarea genomului mitocondrial 7

1.3 Gena care codifica pentru citocromul b, cit b - marker filogenetic 11

Capitolul II: Familia Ciprinide - caracteristici morfologice si moleculare

2.1 Ordinul Cypriniformes 15

2.2. Familia Cyprinidae 15

2.3. Familia Cobitidae 20

2.4 Date moleculare privind sistematica si distributia ciprinidelor

2.4.1 Sistematica moleculara 25

2.4.2 Date biogeografice privind familia Cyprinidae 26

Capitolul III: Alinierea secventelor si metode de construire a arborilor filogenetici

3.1 Prelucrarea secventelor de nucleotide

3.1.1 Diferente între secvente 29

3.1.2 Alinierea secventelor de nucleotide 30

3.2 Arbori filogenetici 32

3.2.1 Tipuri de arbori filogenetici – consideratii generale 33

3.2.2 Metode de construire a arborilor 34

1) Metode de distanta 35

2) Metode de maximum parsimony (MP) 38

3) Metode de maximum likelihood (ML) 40

3.2.3 Erori în realizarea arborilor filogenetici 41

Capitolul IV: Materiale si metode

4.1 Izolare ADN 43

4.2 Determinarea spectrofotometrica a puritatii si concentratiei ADN genomic 44

4.3 Amplificarea ADN prin PCR (Polymerase Chain Reaction) 45

4.4 Verificarea electroforetica a reactiei PCR 53

4.5 Purificarea produsilor PCR 53

4.6 Secventierea fragmentelor ADN obtinute 55

4.7 Alinierea secventelor si construirea arborilor filogenetice 60

Capitolul V: Rezultate si discutii

5.1 Cuantificarea concentratiei si verificarea puritatii ADN genomic izolat 61

5.2.Analiza fragmentelor dupa electroforeza în gel de agaroza 62

5.3.Alinierea secventelor din gena citb obtinute 66

5.4. Arbori filogenetici construiti pe baza secventelor obtinute 71

CONCLUZII 76

Anexe 78

Bibliografie 91

Extras din document

Abrevieri si definitii

- Abrevieri

ADN – acid deoxiribonucleic

ADNmt – ADN mitocondrial

ARN – acid ribonucleic

ARNm – ARN mesager

ARNr – ARN ribozomal

ARNt – ARN de transfer (transport)

cyt b, cit b – gena pentru citocromul b

ME – minimum evolution

ML – maximum likelihood

MP – maximum parsimony

NJ – neighbor-joining

pb – perechi de baze (varianta kpb sau kb – kiloperechi de baze)

UPGMA – unweighted pair-group method using arithmetic averages

- Definitii

Arbore cu radacina – arbore filogenetic cu un singur nod de plecare care reprezinta cel mai recent stramos al tuturor speciilor pe care-l cuprinde

Arborii lipsiti de radacina – ilustreaza relatiile dintre noduri fara sa propuna un stramos

Clada – grup de organisme ai carui membrii detin trasaturi similare, care au provenit de la un stramos comun

Cladograma – arbore construit cu metode cladistice; prezinta bifurcatii, dar lungimea bratelor nu denota timpul

Cronograma (arbore ultrametric) – arbore filogenetic la care lungimea bratelor e direct proportionala cu timpul

Dendrograma – reprezentare schematica a unui arbore filogenetic

Filograma – arbore filogentic la care lungimea ramurilor denota numarul de modificari ale caracterelor

Grup monofiletic, monofilie - grup care contine o specie ancestrala si descendentii ei

Grup parafiletic, parafilie – clada care nu include toti descendentii ultimului stramos

Polifilie - grupuri de organisme cu stramosi diferiti, grupare filogenetica artificiala

Proteine omoloage – proteine ale caror gene au evoluat dintr-o gena ancestrala comuna si care sunt identificate prin descoperirea unor similitudini semnificative statistic la nivelul secventei de aminoacizi; este necesara o identitate de 30% pentru a se considera ca doua proteine sunt înrudite.

INTRODUCERE

Preocuparea omului pentru clasificarea lumii înconjuratoare dateaza din timpuri stravechi. Din punct de vedere stiintific, prima încadrare recunoscuta a speciilor apartine biologului suedez Carl von Linné (latinizat Linnaeus) care a încercat o caracterizare a lumii vii în lucrarea sa “Sistema naturae” în anul 1735. De atunci, universul nostru cognitiv a evoluat remarcabil si o seama de cercetatori au contribuit la extinderea cunostintelor noastre asupra lumii, iar felul în care s-a realizat clasificarea organismelor vii a variat considerabil. Astfel, daca Linné definea doua regnuri apartinând lumii vii – Animalia si Vegetabilia – în secolele urmatoare diversi cercetatori au propus clasificari diferite: Haeckel (1866) lua în considerare trei regnuri (Protista, Plantae si Animalia); Chatton (1937) facea distinctia între procariote si eucariote; Copeland a introdus o structura compusa din 4 regnuri (adaugând Monera la cele trei propuse de Haeckel), si în 1969 Whittaker distingea un al cincilea regn, Fungi. Mai târziu, Carl Woese, pe baza diferentelor existente la nivelul genelor pentru ARNr 16S, a propus întâi o împartire în sase regnuri (1977), împartind Monera în Eubacteria si Archaebacteria, iar apoi, în 1990 un sistem diferit de clasificare, bazat pe 3 domenii – Archaea, Bacteria si Eukarya.

În prezent, studiile taxonomice nu se mai limiteaza doar la o caracterizare morfologica exterioara, ci încep gradat sa puna un accent din ce în ce mai mare pe dovezi moleculare si fosile. Astfel, dupa 1953 - anul descoperirii structurii moleculei de ADN, o noua ramura, filogenia moleculara, a început sa încadreze organismele vii pe baza informatiei continute în genele conservate. Filogenetica (în acceptiunea greceasca a termenului phylon- trib, genetikos – legat de nastere) reprezinta studiul relatiilor de înrudire între diverse grupuri de organisme (specii, populatii), considerând ca acestea sunt interconectate în timp. Filogenia ia în discutie originea si evolutia unui grup de organisme (de obicei un grup de specii), iar o subdiviziune a acesteia - filogenia moleculara – propune în acest sens utilizarea moleculelor precum ADN, ARN sau

Preview document

Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 1
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 2
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 3
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 4
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 5
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 6
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 7
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 8
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 9
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 10
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 11
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 12
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 13
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 14
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 15
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 16
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 17
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 18
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 19
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 20
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 21
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 22
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 23
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 24
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 25
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 26
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 27
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 28
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 29
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 30
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 31
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 32
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 33
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 34
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 35
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 36
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 37
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 38
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 39
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 40
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 41
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 42
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 43
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 44
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 45
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 46
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 47
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 48
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 49
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 50
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 51
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 52
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 53
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 54
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 55
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 56
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 57
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 58
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 59
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 60
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 61
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 62
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 63
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 64
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 65
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 66
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 67
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 68
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 69
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 70
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 71
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 72
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 73
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 74
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 75
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 76
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 77
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 78
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 79
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 80
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 81
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 82
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 83
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 84
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 85
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 86
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 87
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 88
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 89
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 90
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 91
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 92
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 93
Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae - Pagina 94

Conținut arhivă zip

  • Citocromul B - Marker Filogenetic la Cyprinidae.doc

Alții au mai descărcat și

Totul despre Acvarii

Acest mediu inchis existent intr-un acvariu se preteaza deosebit intelegerii anumitor fenomene ecologice si constituie o excelenta introducere in...

Studiu Tulpini

INTRODUCERE Pseudomonas aeruginosa, poate cel mai strict aerob pe lângă bacilul lui Koch care cauzează la om boli, este în mod curent unul dintre...

Actiunea a Doua Tipuri de Menta Asupra Unor Grupe de Microorganisme

INTRODUCERE Plantele medicinale sunt specii vegetale care acumulează în unele părţi ale plantei diverse principii active utile în tratarea...

Markeri Moleculari ADN și Utilitatea Acestora

MASTER I Principala utilitate a markerilor moleculari este este reprezentata de folosirea acestora in diferitele tehnici de diagnostic sau de...

Mutații

Întreaga lume vie si orice fiinta, inclusiv omul, reprezinta rezultatul larg proces de evolutie. Evolutia naturii, în care s-a produs în trei...

Tehnici de separare și concentrare în biotehnologii

1.) Stabilirea materiilor prime și produsului finit Penicilina G (benzilpenicilina) face parte din clasa antibioticelor, acestea fiind substanțe...

Bacilii Gram Negativi Implicați în Declanșarea Infecțiilor Nozocomiale

Familia Enterobacteriaceae cuprinde cel puţin 27 de genuri şi 127 de specii, la care se mai adaugă 8 grupuri enterice. Fiind controversată,...

Inginerie Genetica

Introducere Cu exceptia fizicii nucleare, nici una dintre stiintele secolului XX n-a generat, poate, discutii mai contradictorii, temeri mai...

Ai nevoie de altceva?